Ciao, penso di aver capito ...
Hai creato da programma le pagine mysql.php, config.php e funzioni.php inserendo in esse i codici relativi: ma in questo modo i file generati non contengono solo il codice php che ti serve, ma anche il codice html proprio di una qualsiasi pagina creata dal programma.
Quando includi quei file con require nel file index-1.php e nella pagina carrello.php ... tu includi tutto il codice del file, anche il codice html che è presente in esso ... ecco perché appaiono a video tanti header e tanti menu ... tanti quanti sono i file inclusi.
Crea i file config.php, mysql.php e funzioni.php con il Notepad ed esportali online separatamente dal resto.
