In questa fase non mi preoccuperei tanto dei dettagli di dove mettere l'index o altro ma di strutturare il progetto completo con le risorse che hai a disposizione.
La prima risorsa è l'hosting : per l'ecommerce, il forum ed un eventuale blog occorre avere un servizio di livello medio alto (database mysql, spazio su disco, numerosi indirizzi email, sottodomini e dulcis in fundu tanta banda.
Il provider deve oltretutto poter garantire un servisio di assistenza degno di questo nome..
Lo store di Diesel, non lo trovi da scaricare in rete
perchè sicuramente è stato sviluppato e personalizzato interfacciandosi direttamente con i sistemi gestionali dell'azienda che manco a farlo apposta si basano su SAP.
Detto questo devi capire se in funzione di quelle che saranno le esigenze del tuo cliente, avrai unicamente un ecommerce che fa anche da sito web oppure se dovrai avere entrambe le cose.
In funzione del tipo di hosting sceglierai quindi se creare domini o cartelle in cui installare le varie applicazioni.
Mic